Глава II.5.

 

Создание небольших молекул в 2D и 3D (Упражнение)

 

Теперь, когда Вы научились строить атомы и связи между ними можно приступать к построению молекулы. Хотя HyperChem позволяет Вам делать молекулы любого размера, по практическим соображениям мы рекомендуем Вам ограничиться построением небольших и средних молекул.

В этом упражнении, Вы будите строить молекулу 1-гидрокси-3-фенил-2 пропена.

1.        Откройте в меню Build в Default elements периодическую таблицу элементов

2.        Отметьте (Ö ) Allow ions (Допустимы ионы) и Explicit hydrogens (Добавить водороды). Если Explicit hydrogens не выключить, то они в процессе рисования не будут автоматически добавляться к углеродному остову.

3.        Выберите углерод (С) и закройте диалоговый ящик. Углерод устанавливается как встроенный элемент для построения

4.        Теперь нарисуйте следующую структуру:

 

 

У Вас при построении могла получиться неверная геометрия, но прежде чем модифицировали эту структуру, сохраните вашу работу. Этот путь позволит Вам не рисовать все заново, а лишь вносить необходимые исправления в первоначальный вариант построенной молекулы.

 

Чтобы сохранить Вашу работу:

 

1.        Выберите в файловом меню Save … (Сохранить).

2.        Появляется диалоговое окно сохранения файла. Убедитесь, что файл будет сохранен в нужную папку. В File name введите желаемое имя файла (лучше, чтобы оно наиболее полно отражало содержание файла и параметры расчета)

3.        Убедитесь, что Save as type (Тип файла) это HIN.

4.        L-щелчком выберите OK.

5.        Диалоговое окно закрывается и в верхнем левом углу экрана над панелью инструментов появляется название файла

Теперь Вы можете модифицировать структуру, и все изменения будут сохранены в этом файле (для сохранения можно выбрать Save в меню File или использовать соответствующий значок на панели инструментов). Вы всегда сможете вернуться к последнему сохраненному варианту.

Добавьте, где это необходимо двойные связи L-щелчком. Полуторные связи ароматического кольца обозначаются пунктирной линией. Их можно нарисовать при помощи двойного L-щелчка вблизи одной из внутренних сторон кольца.

 

Маркирование атомов

 

1.        В меню Display нужно выбрать Labels (Этикетки).

 

 

2.        В появившимся блоке опции Атом автоматически отмечено None. Можно выбрать Symbol, Name, Number и пр., отметив нужное L-щелчком, и нажать на OK.

3.        Блок закрывается и все атомы помечаются.

 

Редактирование индивидуальных атомов

 

Вся структура в рабочем окне построена из атомов углерода, но чтобы структура была верной, необходимо заменить один из углеродов на атом кислорода.

Для этого:

1.        Откройте таблицу элементов и одним L-щелчком выберите кислород и закройте ящик. Кислород устанавливается как встроенный элемент.

2.        Наведите курсор на атом углерода в конце алифатической цепи и щелкните по нему однократно левой кнопкой мыши. Углерод C (атом голубого цвета) заменится на кислород O (атом красного цвета). Теперь основная углеродная цепь выстроена.

3.        Для того чтобы построенная схема приобрела правильную геометрию, в меню Build выберите Model Build (Разработчик моделей). Схема 2D (двумерная) преобразуется в трехмерную структуру 3D.

 

 

4.        Если в процессе преобразования геометрии молекула была повернута или смещена на периферию экрана, то ее можно вернуть в первоначальное положение, используя соответствующие кнопки панели инструментов  ( Rotate out-of plane, Translate).

5.        Для того чтобы автоматически добавить необходимое количество атомов водорода необходимо в меню Build выбрать пункт Add Hydrogens (Добавить водороды)

6.        Если водороды не отображаются, то в меню Display отметьте Show Hydrogens (Показать водороды) и повторите команду Add Hydrogens.

7.        Построенную таким образом структуру сохраните.