Глава II.4.

 

Измерение параметров структур (Measuring Structural Properties)

 

Данный раздел описывает технику измерения структурных связей. Дается также описание способов измерения углов, а также дисплейных характеристик атомов, как, например, заряды и пространственные координаты.

 

Характеристики атомов

 

Для того чтобы получить информацию об основных характеристиках атома его нужно выделить. В строке состояния появляются: номер атом, тип, и заряд для выбранного силового поля молекулярной механики Она также показывает x, y и z-координаты этого атома.

Пункты меню Build позволяют установить необходимый Вам Set Atom Type (тип атома), Set Charge (заряд), и Constrain Geometry (ограниченную геометрию), отличные от тех, которые устанавливаются программой по умолчанию.

 

Измерение длины связи

 

Если Вы выбираете связь, а не атом, информация о ней появляется в строке состояния. HyperChem имеет библиотеку длин связей между атомами конкретного типа и гибридизации, что устанавливается по умолчанию

Когда информация о длине связи в библиотеке отсутствует, то HyperChem использует среднее значение ковалентных радиусов двух атомов.

Для измерения расстояния нужно изменить форму курсора на ¥ (Select) и выделить эту связь. В строке состояния появляется значение длины связи между двумя атомами, выраженное в ангстремах (Å)

При этом в меню Build становиться активным пункт Constrain bond length, который позволяет Вам установить желаемую длину связи, отличную от той, которую устанавливает Разработчик моделей программы по умолчанию.

 

Измерение углов связей

 

Для того чтобы измерить угол между двумя связями нужно последовательно выделить первый, второй и третий атомы, связи между которыми и образуют угол. При этом второй атом должен находиться в вершине этого угла. Величина угла появится в строке состояния.

В меню Build становится активным пункт Constrain Bond Angle, что позволяет Вам изменить величину данного угла.

 

Измерение торсионных углов

 

Последовательно выделите первый, второй (вершина угла) атомы и третий атом, который расположен вне плоскости молекулы. В строке стояния появиться величина торсионного угла между плоскостями, в которых лежат два первых атома, и плоскостью третьего атома.

Пункт Constrain Bond Torsion в меню Build становится активным, что позволяет Вам изменить по желанию эту величину.

 

Измерение расстояния между двумя несвязанными атомами

 

Прежде, чем Вы приступите к измерению, нужно в меню Select отметить Ö пункт Multiple Selections (Множественные выборы). Это позволяет выделить более одного атома в рабочем окне. L-щелчком ¥ выделите два любых атома, при этом строка состояния показывает расстояние между ними.

 

Водородные связи

 

Чтобы подтвердить благоприятные условия для образования водородных связей, HyperChem вычисляет их и выводит на дисплей.

Водородные связи формируются, если расстояние до водородного донора - менее чем 3.2 Å и угол ковалентной связи донора и акцептора - менее чем 120 градусов.

Чтобы подтвердить условия для водородной связи:

1.        В меню Display отметьте Ö пункт Show Hydrogen Bonds (Показать водородные связи)

2.        Там же выберите Recompute H Bonds (Вычислить заново водородные связи)

HyperChem отображает водородные связи пунктирной линией.

Водородные связи не вычисляются автоматически в каждой конфигурации, поэтому, когда Вы изменяете геометрию молекулы, водородные связи приходится вычислять заново.