Глава II.3.
Создание
полипептидов
До сих пор Вы учились строить отдельные молекулы и
отображать их, читая координаты из файла HIN. В этом разделе изложены принципы построения
полипептидов посредством
последовательного выбора остатков аминокислот из библиотеки HyperChem.
Чтобы открыть диалоговое меню библиотеки
аминокислот:
Выберите меню Databases (База Данных) пункт Amino Acids (Аминокислоты).
Это диалоговое меню является устойчивым и остается
открытым все время, пока Вы строите полипептид.
Последовательно выбирая остатки, Вы строите
вторичную структуру полипептида. Но для этого нужно в диалоговом окне отметить,
что должна представлять из себя эта структура: альфа-спираль (Alphe helix),
бетта-лист (складчатость) (Beta sheet) или другие варианты.
Автоматически устанавливаются как phi так и угол psi. Угол омеги (Omega)
можно изменить но обычно это 180 º для транс-пептидной связи. Начинайте
построение с N-конца полипептидной цепи.
Чтобы построить цепь:
L-щелчком последовательно выбирайте аминокислоты
начиная с N-концевого остатка. HyperChem строит цепь,
располагая аминокислоты под
соответствующими углами относительно друг друга
Создание
цвиттер-иона
В построенной Вами
полипептидной цепи N-конец
содержит HN- , а C-конец -CO группу. Создание цвиттериона модифицирует N- и C-
концевые остатки аминокислот.
Чтобы создать цвиттерион в меню База данных виберите
пункт Цвиттерион
(Zwitterion).
HyperChem добавит атом кислорода на C-конец полипептида (получится
СОО-) и два протона к N-концу (до NH3).
Мутагенез
Сайт-специфический мутагенез играет важную роль в
белковой инженерии. Замена конкретной аминокислоты на критическом месте может
изменить структуру и свойства белка, а следовательно, функцию.
Чтобы заменить остаток:
Сначала выберите аминокислоту, которую нужно
заменить. Для этого в меню Дисплей в
пункте Этикетки (Labels ) отметьте Name+Seq как опции для маркирования
остатков и нажмите OK. Можно также в меню Выбор
(Select) отметить Остатки (Residues).
После чего измените форму курсора на ¥ Select и L-щелчком кнопки мыши
выберите нужную аминокислоту.
В меню База
данных становиться активным пункт Мутировать (Mutate), который ранее был неактивен
В диалоговом меню Mutate выберите из списка аминокислоту, на которую будет заменен
выделенный остаток и нажмите OK. Происходит замена
Сохраните полученную структуру.
Упражнения
1.
Постройте
следующую полипептидную цепь в бетте-конформации:
2.
Создайте
нуклеиновую кислоту, использующую Nucleic Acids
в меню Баз Данных.